Le 6 août 1945, un B-29 américain lâche la première bombe atomique sur la ville d'Hiroshima. Face à cette nouvelle menace, les autorités militaires japonaises sous les traits de Ryokitsu Asakura confient une mission de la plus haute importance au "Capitaine Froussard", Shinichi Masami. A terre depuis plus de trois ans à cause de cette réputation, héritée de son refus d'appliquer les "suicide tactics" des kamikaze, Masami se voir confier le commandement d'un sous-marin ramené d'Allemagne par une équipe de scientifiques, le I-507. Sa mission ? Trouver le vaisseau qui achemine la seconde bombe atomique et l'empêcher de mener sa tâche à bien.